벤처기업 연구전담요원 연구활동비 소득세 비과세 창업벤처기업의 세제 혜택 정리 - 2

벤처기업 인증을 받으면 기업이 받는 혜택이 매우 많습니다.

그 중에서 단연 세제혜택이 가장 큰 혜택이라고 할 수 있는데 지난 글에서는 창업벤처기업의 소득세 법인세 감면을 보았고 이 번 글에서는 벤처기업 연구전담요원의 연구활동비 소득세 비과세를 포함하여 추가 세제혜택을 살펴보겠습니다.

 

벤처기업 인증에 대한 내용와 지난 세제혜택읜 글은 아래 링크로 정리해두었습니다.

 

 

1. 연구전담요원 연구활동비 소득세 비과세 혜택

 

벤처기업인증을 받으면 벤처기업의 기업부설연구소와 연구개발전담부서에서 연구활동에 직접 종사하는 인력(연구전담요원)이 받는 연구보조비 또는 연구활동비 중 월 20만원 이내의 금액은 비과세 혜택을 받습니다.

 

중소기업에서 연구전담요원을 오래 붙잡아두는 혜택이 많이 없는데, 벤처기업인증을 받게 되면 연구활동비, 연구보조비의 월 20만원 비과세 혜택을 받을 수 있습니다.

 

(1) 연구전담요원 연구활동비 소득세 비과세 지원대상

 

연구활동비 소득세 비과세 지원대상은 다음 두가지를 대상으로 하고 있습니다. 

 

• 지원 대상 : 벤처기업 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서
• 대상 직원 : 연구활동에 집적 종사하는 자(연구전담요원만 해당)

 

(2) 연구전담요원 연구활동비 소득세 비과세 지원내용

 

지원내용과 신청 접수, 제출서류 등을 정리하면 다음과 같습니다.

연구보조비 또는 연구활동비 중 월 20만원 이내의 금액을 과세대상 소득에서 제외받기 때문에 신청접수와 제출서류는 혜택에 맞게 준비하면 됩니다.

• 신청 접수 : 연말정산 시 비과세 근로소득 신고
• 제출서류 : 급여명세서 내 비과세 항목 적용
• 처리절차 : 연말정산 시 비과세 신고 -> 적용
• 법적근거 : 소득세법 시행령 제12조

 

2. 개인의 벤처기업 출자, 투자 시 소득공제

 

벤처기업 인증을 받게 되면 거주자(개인)가 벤처기업에 출자 또는 투자할 경우 투자 금액의 일부를 2년 내 종합소득금액에서 공제받을 수 있습니다. 

 

(1) 벤처기업 출자, 투자 시 소득공제 지원대상

 

벤처기업에 출자, 투자했을 대 소득고엦를 받을 수 있는 지원대상은 거주자가 2025년 12월 31일까지 다음에 해당하는 출자 또는 투자한 경우에 해당됩니다.

 

• 벤처투자조합, 신기술사업투자조합 또는 전문투자조합에 출자하는 경우
• 벤처기업투자신탁의 수익증권에 투자하는 경우
• 개인투자조합에 출자한 금액을 벤처기업 또는 이에 준하는 창업 후 3년 이내의 중소기업에 투자한 경우
• 벤처기업육성에 관한 특별조치법에 따라 벤처기업 등에 투자하는 경우
• 창업, 벤처전문사모집합투자기구에 투자하는 경우
• 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제 117조 10에 따라 온라인 소액투자중개의 방법으로 모집하는 창업 후 7년 이내의 중소기업으로서 법에서 정한 기업의 지분증권에 투자하는 경우

(2) 벤처기업 출자, 투자 시 소득공제 지원내용

 

출자 또는 투자한 금액의 10%를 출자일 또는 투자일이 속하는 과세연도부터 투자 후 2년이 되는 날이 속하는 과세연도까지, 1 과세연도를 선택하여 종합소득금액에서 공제받습니다. 

 

출자 또는 투자한 금액의 10%는 3천만원 이하분은 100%, 5천만원 이하분은 70%, 5천만원 초과분은 30%, 종합소득금액의 50% 한도입니다.

 

(3) 벤처기업 출자, 투자 시 소득공제 처리 절차

 

벤처기업 출자, 투자 시에 소득공제를 받을 수 있는 접수 방법과 제출서류 등은 다음과 같습니다.

 

• 신청 접수 : 소득공제하는 경우 납세지 관할 지방세무서장에게 과세표준신고와 함께 소득공제신고서 및 출자 등 소득공제 신청서를 제출
• 제출서류 : 과세표준신고서, 소득공제 신청서 등
• 처리절차 : 공제신청서(주요 제출서류) 작성 -> 접수 -> 공제적용
• 법적근거 : 조세특례제한법 제16조의 제1항 (일몰, 2025년 12월 31일)

3. 주식매수선택권 행사이익 비과세

 

비상장 벤처기업의 임직원이 부여받은 주식매수선택권 행사 시 연 2억원 이내의 금액에 대해서는 비과세입니다.

 

(1) 주식매수선택권 행사이익 비과세 지원대상

 

주식매수선택권 행사이익 비과세 지원대상은 다음으로 정리할 수 있습니다.

 

• 벤처기업 또는 벤처기업이 인수한 기업의 임원 또는 종업원이 해당 벤처기업으로부터 2024년 12월 31일 이전에 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제16조의 3 및 상법 제340조의 2 또는 제542조의 3에 따라 주식매수선택권을 부여받은 자
• 상법 제542조의 3에 따른 주식매수선택권 부여의 경우는 코넥스 상장기업으로부터 부여받은 경우로 한정합니다.

(2) 주식매수선택권 행사이익 비과세 지원내용

 

주식매수선택권을 행사하여 얻은 이익 중 연간 2억원 이내의 금액에 대해서는 소득세를 과세하지 않습니다.

머리를 잘 써서 주식매수선택권을 행사하면 이익이 나더라도 과세가 되지 않으니 세금을 낼 필요가 없습니다. 

 

주식매수선택원을 행사할 때는 퇴직 후 행사하는 경우도 포함되며, 얻은 이익은 행사 당시의 시가와 실제 매수가액과의 차이를 의미합니다. 

 

(3) 주식매수선택권 행사이익 비과세 처리 절차

 

처리 절차는 간단합니다.

 

• 신청 접수 : 원천징수의무자는 비과세특례적용명세서를 벤처기업 주식매수선택권 행사일이 속하는 연도의 다음 연도 2월 말일까지 원천징수 관할 세무서장에게 제출
• 제출서류 : 벤처기업 주식매수선택권 비과세 특례적용명세서
• 처리절차 : 비과세특례적용명세서 작성 -> 접수 -> 공제적용
• 법적근거 : 조세특례제한법 제16조의 2 제1항 (일몰, 2024년 12월 31일)

 

4. 전략적 제휴를 위한 비상장 주식교환 시 양도소득세 과세이연

 

비상장 벤처기업의 주주가 벤처기업과 제휴법인의 주식을 교환하거나 현물출자하는 경우 발생하는 양도소득세를 과세이연할 수 있습니다. 

 

(1) 양도소득세 과세이연 지원대상

 

비상장 벤처기업의 주식을 지분율 10% 이상 보유하고 있는 주주가 2024년 12월 31일 이전에 제휴법인이 보유한 자기주식 또는 제휴법인 주주(지분율 10% 이상 보유한 주주)의 주식과 교환하거나 제휴법인에 현물출자하여 취득한 경우는 지원대상이 됩니다.

 

또한 주식교환 및 현물 출자는 전략적 제휴 계획에 따라 비특수관계자 간 주식교환을 통해 취득한 주식을 1년 이상 보유하도록 계약이 체결됩니다.

 

(2) 양도소득세 과세이연 지원내용

 

비상장 벤처기업 등의 주주가 주식교환 등을 하여 발생한 양도 차익에 대한 양도소득세는 교환 후 취득한 제휴법인의 주식을 처분할 때까지 과세이연됩니다. 

 

그리고 벤처기업 등의 주주가 주식교환 등으로 인하여 취득한 주식을 교환한 주주가 1년 이상 보유하지 않는 경우 이연 받은 양도소득세를 납부하게 됩니다. 

 

(3) 양도소득세 과세이연 처리 절차

 

과세이연 처리 절차는 다음과 같습니다.

 

• 신청 접수 : 관할 세무서장에게 과세이연 신청서를 제출하기만 하면 됩니다.
• 제출서류 : 과세이연신청서
• 처리절차 : 과세이연신청서 작성 -> 접수 -> 공제적용
• 법적근거 : 조세특례제한법 제46조의 7 제1항 (일몰, 2024년 12월 31일)

 

벤처기업 인증 취득 시 얻을 수 있는 세제혜택 2번째 내용을 정리해보았습니다.

벤처기업 인증을 받고 단순히 법인세, 소득세 조금 지원을 받아야지 하는 기업도 있지만 빠르게 성장하는 기업은 스톡옵션에 대한 문제나 여러 세제 관련 이슈가 발생할 수 있습니다.

 

세제혜택을 잘 활용한다면 연구원의 연구활동비도 소득세에서 비과세할 수 있어서 연구인력 확보와 운영에도 도움이 될 수 있고 투자를 받을 때 투자에 대한 소득세 공제효과도 얻을 수 있습니다. 스톡옵션 행사 시 이익도 비과세가 되며 전략적 제휴를 위한 주식교환 시 양도소득세는 바로 과세하지 않고 이연할 수도 있습니다. 

 

다음 글에서는 창업벤처기업의 부동산 취득세, 재산세 경감 내용과 우리사주조합 출자 과세특례 등을 알아보겠습니다.